脚注という表現の仕方は紙面でもウェブページでも非常に読みにくい、と思います。

本文を読んでいるところから視線を大きく動かして脚注を読み、また視線を動かして本文に戻らなければいけません。
わざわざ書くほどの文章なら本文に直接書いておいてよ、と。

Wiki のシステムによっては簡単な書式で脚注が書けてしまうので、脚注にすべきでない内容も安易に脚注に追い出されているという問題もあります。

PukiWiki では文中に ((～)) と書けば脚注になりますが、はてなダイアリーも同じ書式が使えるようで、脚注が多用されていると読みにくいので、本文に挿入させる Bookmarklet を作ってみました。

javascript:(function(s){var i,a;for(i=0;i<s.length;++i){if(s[i].className=='footnote'){a=s[i].firstChild;a.style.cssText='border-bottom:dashed 1px;font-size:75%';a.innerText=a.title;}}})(document.getElementsByTagName('span'));

テスト用ページ：鳩山由紀夫 迷言ランキング（＋注釈） - さぼり記