フォルダ設定の「同名のファイルが有ればリネーム」にチェックを入れると、同名のファイルが存在する(＝既に一度ダウンロードが完了している)場合にリネーム([0]、[1]、……の付加)が行われます。

ただし、アイテム設定の「別名で保存」にファイル名を入力した場合はリネームが行われません。

この際フォルダ設定の「リジュームを行う」にチェックが入っていないと
リジュームを行いません → ダウンロードに失敗しました
となります。

一方、「リジュームを行う」にチェックが入っていると、サーバの仕様にもよりますが
プロトコルエラー(416 Requested range not satisfiable) → リジューム開始エラー
となります。
(サーバ上のファイルサイズを超えてデータを要求してしまうため)

いずれにせよダウンロードは失敗したという扱いになります。

しかも、フォルダ設定の「完了していないファイルを隠す」にチェックが入っているとダウンロード完了しているファイルに隠し属性が設定されるというオマケ付きです。

pixiv_r.dms のような Dorothy2 用スクリプトでは「別名で保存」に入力した形でアイテムを登録するので、この挙動が問題になります。
どう対処するのがいいんだろ……。