というわけで、リンク先の記事によると /embed/ を /v/ に置換すれば問題が出なくなるとのことなので、Proxomitron のヘッダフィルタで作ってみました。
[HTTP headers]
In = TRUE
Out = TRUE
Key = "URL: YouTube embed to v (2012-07-29; rentan)"
Match = "http://www.youtube.com/embed/\1 & $JUMP(http://\h/v/\1)"
根本的な解決ではありませんが、とりあえず YouTube の埋め込みプレイヤーでシークバーが出るようになるだけでも大きいかなと。